Mahasiswa UII Kembangkan MOGA untuk Percepat Deteksi DNA

YOGYAKARTA, JOGPAPER.NET — Mahasiwa Program Studi Teknik Informatika, Program Magister Fakultas Teknologi Industri, Universitas Islam Indonesia (FTI UII), Cahyo Dwi Raharjo berhasil mengembangkan Multi-Objective Genetic Algorithm (MOGA) untuk mempercepat deteksi Deoxyribo Nucleic Acid (DNA). Kecepatan penentuan DNA primer dan probe menggunakan MOGA sebesar 1.000 sekuen per tiga jam, sedang cara manual hanya 40 sekuen dalam satu hari jam kerja.

Cahyo Dwi Raharjo yang didampingi Izzati Muhimmah, ST, MSc, PhD, Ketua Prodi Teknik Informatika Program Magister FTI UII, mengungkapkan hal tersebut kepada wartawan di Kampus FTI UII Yogyakarta, Jumat (28/6/2019). Penelitian ini bekerjasama dengan PT Panah Merah Indonesia (EWINDO), perusahaan yang membuat benih tanaman.

Lebih lanjut Cahyo mengatakan MOGA merupakan konsep yang menggunakan lebih dari satu fungsi objektif atau satu fungsi fitness dapat diformulasikan dari beberapa fungsi objektif. Penelitian ini bertujuan mendesain DNA primer dan DNA probe secara optimal.

“EWINDO pada salah satu kasusnya mengharuskan proses desain lebih dari satu sekuen secara bersamaan. Saat ini desain di EWINDO masih sangat lama yaitu 20 sampai 40 sekuen sehari (8 jam kerja). Sehingga saya menggunakan MOGA sebagai solusinya,” kata Cahyo yang diwisuda Sabtu (29/6/2019).

Dijelaskan Cahyo, penggunaan MOGA dipadukan dengan teknik multi-threading agar dapat menangani desain dari beberapa sekuen dalam satu proses. Penambahan teknik multi-threading akan membuat aplikasi dapat memproses banyak sekuen dalam satu kali proses.

“Multi-threading tidak seperti perulangan yang memiliki konsep sama yaitu dapat menjalankan semua sekuen dalam satu proses. Perbedaan dari multi-threading dengan perulangan adalah jika perulangan akan menunggu satu persatu sekuen di proses, sedangkan multi-threading memproses beberapa sekuen secara bersama bergantung pada jenis processor yang digunakan,” jelas Cahyo.

Penelitian ini, kata Cahyo, merupakan lanjutan dari Dinda Eling Kartikaning Sasmito, Mahasiswa Prodi Magister Teknik Informatika FTI UII dengan konsentrasi Polymerase Chain Reaction (PCR) tahun 2017. PCR merupakan metode enzimatis untuk melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro.

“PCR dapat digunakan untuk mengidentifikasi dan memanipulasi DNA, mendeteksi patogen berbagai penyakit (HIV, hepatitis, TBC, Avian Influenza), mendeteksi variasi genetik, kajian forensic dan paternity, serta analisis genetik lainnya,” katanya.

Sementara Izzati Muhimmah mengemukakan hasil penelitian ini dapat membantu karja ahli biologi molekuler. Mereka akan bekerja lebih cepat karena MOGA memiliki kecepatan 25 kali lipat dibandingkan dengan penentuan DNA secara manual.

“Selain kecepatan, keunggulan lain dari MOGA menggunakan Bahasa Indonesia. Sehingga mudah digunakan bagi operator yang biasanya berpendidikan SMA,” kata Izzati Muhimmah.

About The Author

Reply